Tra le collezioni della Casa Buonarroti una raccolta di grande valore, ma tuttora assai meno nota delle altre per le complesse vicende che ha attraversato, è la collezione archeologica.
Il nucleo consta di circa centocinquanta pezzi, di civiltà, epoche, tipologie, tecniche e dimensioni assai diverse.
Il merito di aver riunito pezzi così vari e importanti va soprattutto a due esponenti della famiglia Buonarroti che abitarono il palazzo, Michelangelo il Giovane e Filippo. A quest’ultimo si deve l’accrescimento più cospicuo della raccolta, soprattutto per quanto riguarda il settore etrusco.
La collezione, dopo essere rimasta a lungo nelle sale della Casa, nel 1882 fu trasferita in deposito presso il neonato Museo Archeologico di Firenze. Nel 1965, per intervento del direttore della Casa Buonarroti Charles de Tolnay, qualche prezioso pezzo tornò nel Museo di via Ghibellina. Ma solo nel 1996 è stato possibile riportare in Casa Buonarroti i molti pezzi, spesso belli e rari, ancora in deposito nel Museo Archeologico.